bonjour,
désolé de ne répondre que maintenant mais je ne viens de voir votre post que ce soir.
nous avons la même configuration dans notre cave, en fait, votre trou plein d'eau est un puisard.
son action est de canaliser l'eau d'une source située sous la maison, il faut donc penser à évacuer l'eau.
pour notre part, nous avons branché une pompe vide cave avec flotteur, cela le vidange régulièrement.
nous avons également remonté le niveau du muret l'entourant, installer un drain non ventilé et couler une dalle en béton de chaux.
aussi nous avons fait un drain extérieur, depuis les murs ne sont plus trempés, la cave s'est asséchée.
par contre, pour votre problème de mérule, il faut que vous ayez asséché votre cave avant de remplacer les bois attaqués.
si vous devez insérer des bois dans le mur, il faut (je sais que se n'est pas écolo mais c'est la meilleure solution) enduire les abouts de poutre de goudron (la mérule n'aime pas le goudron).
si j'ai pu vous aider même tardivement.