Salut Christophe,
Si tu laisses un peu de ciment dans les joints ça ne devrait pas être dramatique, surtout si la maison est saine.
Il faut assurer la continuité dans des matériaux perméables à la vapeur d'eau, que celle-ci puisse traverser les murs. S'il y a une lame d'air ou une barrière ce n'est pas bon, c'est source de condensation, d'apparition de moisissures, d'isolant gorgé d'eau, etc.
Il y avait une étude qui montrer qu'un enduit mince de répartition (de la vapeur d'eau dans le matériau) était bénéfique, il fait l'interface entre le mur en pierre et l'isolant fibreux. Mais dans ton cas si c'est pour enduire avec un mortier à base de chaux, c'est bon, c'est comme le chaux-chanvre tu peux enduire directement et remplir tes joints avec si la granulométrie le permet.
La perméabilité des murs à l'extérieur est encore plus essentielle selon une autre étude, dont j'ai aussi perdu le lien...